Con anterioridad a la Edad Moderna se puede hablar de una clasificación de los distintos modos o categorías del conocer en tanto que conocimiento humano racional, bajo las notas de universalidad y necesidad, superando los límites del conocimiento por la experiencia. Hasta el Renacimiento todo el saber que no fuera técnico o artístico se situaba en el ámbito de la filosofía. El conocimiento de la naturaleza era sobre la totalidad: una ciencia universal. Aristóteles usó los términos episteme y philosophia para clasificar las ciencias («ciencias en Aristóteles»); pero con un significado y contenido muy diferente al de «ciencia» en la Modernidad. Las primeras clasificaciones se remontan a Aristóteles, que considera tres categorías del saber:
Teoría, que busca la verdad de las ideas, como formas y como sustancias. Este saber está constituido por las ciencias cuyo conocimiento está basado en el saber por el saber: Matemáticas, Física y Teología.
Praxis o saber práctico encaminado al logro de un saber para guiar la conducta hacia una acción propiamente humana en cuanto racional: lo formaban la Ética, la Política, la Económica y la Retórica.
Poiesis o saber creador, saber poético, basado en la transformación técnica. Lo que hoy día se englobaría en la creación artística, artesanía y la producción de bienes materiales.
La clasificación aristotélica sirvió de fundamento para todas las clasificaciones que se hicieron en la Edad Media hasta el Renacimiento, cuando las grandes transformaciones promovidas por los grandes adelantos técnicos plantearon la necesidad de nuevas ciencias y sobre todo nuevos métodos de investigación que culminarán en la ciencia moderna del siglo XVII. Es entonces cuando aparece un concepto moderno de clasificación que supone la definitiva separación entre ciencia y filosofía.
En la Edad Moderna Tommaso Campanella, Comenio, Bacon, Hobbes y John Locke propusieron diferentes clasificaciones. El Systema Naturae (1735) de Linneo, estableció los criterios de clasificación que más influencia han tenido en el complejo sistema clasificatorio de las ciencias naturales. André-Marie Ampère confeccionó una tabla con quinientas doce ciencias.
En la Ilustración, D'Alembert escribió:
«No hay sabios que gustosamente no colocaran la ciencia de la que se ocupan en el centro de todas las ciencias, casi en la misma forma que los hombres primitivos se colocaban en el centro del mundo, persuadidos de que el universo había sido creado por ellos. Las profesiones de muchos de estos sabios, examinándose filosóficamente, encontrarían, posiblemente, incluso, además del amor propio, causas de peso suficiente para su justificación»
Discours préliminaire de l'Encyclopedie, París 1929, pág. 61